Данные от целого упорядочивания генома больных раком использовались, чтобы развить индивидуализированные анализы крови, которые, вероятно, помогут врачам скроить лечение пациентов, сказать исследователей в Онкологическом центре Джонса Хопкинса Киммела. Эти новые основанные на геноме анализы крови могут использоваться, чтобы контролировать уровни опухоли после лечения и определить, возвращается ли рак (рецидив).Виктор Велкулеску, Доктор медицины, доктор философии, адъюнкт-профессор онкологии и соруководитель программы биологии рака в Джонсе Хопкинсе, сказал, что «Мы полагаем, что это – первое применение более новых поколений целого генома, упорядочивающего, который мог быть клинически полезен для больных раком. Используя этот подход, мы можем развить биомаркеры для потенциально любого больного раком».
Согласно статье, опубликованной в Науке Переводная Медицина, 24-го февраля кончитесь, ученые просмотрели геномы пациентов для альтераций, которые, они говорят, большинство исследователей не искало перестановки больших кусков ДНК, а не изменений в единственном письме о ДНК среди миллиардов других. Они называют свой новый подход, который (ЧИСТИТ) Персонализированный Анализ Перестроенных Концов.
Берт Воджелштейн, Доктор медицины, профессор Клейтона Онкологии, соруководитель Института Людвига в Джонсе Хопкинсе и Следователе в Говарде Хьюзе Медицинский Институт, сказал, «В упорядочивании геномов людей в прошлом мы сосредоточились на однобуквенных изменениях, но в этом исследовании, мы искали обмен всех секций генома опухоли. Эти альтерации, как переупорядочение глав книги, легче идентифицировать и обнаружить в крови, чем однобуквенные изменения».Эти типы перестановок ДНК, как известно, происходят только в раковых клетках а не в незлокачественных, делая их совершенными биомаркерами для рака.Используя шесть наборов злокачественных и нормальных образцов ткани, взятых от четырех колоректальных и двух пациентов рака молочной железы, команда использовала методы упорядочивания следующего поколения, чтобы каталогизировать данные о последовательности генома каждого отдельного пациента.
Чтобы найти перестановки ДНК, команда сначала идентифицировала области, где число копий ДНК было более или менее, чем ожидаемый и где секции различных хромосом соединились вместе. Эти области были далее проанализированы, чтобы идентифицировать последовательности ДНК, показывающие неправильное назначение, ориентацию или интервал. Диапазон четыре к 15 перестановкам был найден в каждом из этих шести образцов.Они сначала идентифицировали перестановки ДНК у больных образец опухоли, и затем искали те же изменения в сарае ДНК от опухолей в крови пациентов.
Они усилили ДНК, найденную в образцах крови двух пациентов рака ободочной и прямой кишки, и решили, что эти анализы были достаточно чувствительны, чтобы обнаружить перестроенную ДНК опухоли в этих образцах.Ученые говорят, что результаты таких анализов крови могли помочь врачам диагностировать рак или его рецидив и сообщить им о том, как пациент отвечает на лечение рака. В одном примере пациента рака толстой кишки ученые сочли секцию хромосомы четырьмя сплавленными к секции хромосомы восемь.
Ребекка Лири, аспирант в Онкологическом центре Джонса Хопкинса Киммела, сказала, что «Мы развили биомаркер, который мог охватить эту перестановку и использовал анализ крови, чтобы оценить уровни биомаркера, поскольку пациент получил множество методов лечения рака».После начальной хирургии у больных понизились уровни биомаркера, потому что большинство опухоли было удалено. Уровни биомаркера повысились снова, указав, что дополнительный рак остался в теле пациента.
После химиотерапии и второй хирургии, уровни биомаркера понизились значительно, но все еще показали небольшой, но измеримый уровень биомаркера. Это было соответствующим маленькому метастатическому поражению, оставшемуся в печени пациента.
Следователи предполагают, которые ЧИСТЯТ – основанные биомаркеры могли также использоваться, чтобы определить, присутствуют ли раковые клетки в хирургических краях или ткани лимфатического узла, удаленной во время операции и возможно для диагностирования болезни на ранней стадии.Луис Диас, Доктор медицины, доцент онкологии в Джонсе Хопкинсе, сказал «В конечном счете, мы полагаем, что этот тип подхода мог использоваться, чтобы диагностировать рецидивные раковые образования, прежде чем они будут найдены обычными методами отображения, как снимки компьютерной томографии».
Велкулеску предсказывает, что технология, используемая, чтобы исследовать геномы пациентов, станет недорогой. Он говорит, что просмотр генома стоил им приблизительно 5 000$ на пациента, но что упорядочивающие затраты продолжают понижаться. Снимки компьютерной томографии в настоящее время стоят 1 500$ за просмотр и ограничены в их способности диагностировать микроскопические раковые образования.
Кеннет В. Кинзлер, доктор философии, преподаватель онкологии и соруководитель Центра Людвига в Джонсе Хопкинсе, сказал, «Если современные тенденции в упорядочивании генома будут продолжать, БУДУТ ЧИСТИТЬ, то будет более экономически эффективным, чем снимки компьютерной томографии и, могло бы оказаться, был бы более информативным».Команды Джонса Хопкинса, подавшие для патентов на технологии, говорят, что они планируют проверить образцы более пациента и усовершенствовать их методы так, чтобы мог быть достигнут коммерчески жизнеспособный основанный на геноме анализ крови.
В соответствии с лицензионным соглашением между Университетом Джонса Хопкинса и Genzyme, Velculescu, Фогелштайн и Кинзлер, наделены правом на долю лицензионных платежей, полученных университетом продаж продуктов, связанных с исследованием, описанным в этой газете. Условия этих мер излечены Университетом Джонса Хопкинса в соответствии с его политикой, направленной на борьбу с должностными злоупотреблениями.
Национальные Институты Здоровья, Фонд Lustgarten, Национальный Союз Исследования Рака ободочной и прямой кишки и Товарищество UNCF-Мерка финансировали исследование.Среди других участников исследования Айзек Кинд, Франк Диль и Керштин Шмидт, от Джонса Хопкинса; Крис Клоюзр, Сисилья Дункан, Алена Антипова, Кларенс Ли, Кевин Маккернэн и Франсиско Де ла Вега от Life Technologies.Источник: медицина Джонса Хопкинса