Потенциальная ошибка, обнаруженная в инструментах, используемых, чтобы расшифровать ‘кодекс гистона’

Функция гистонов – белков, позволяющих дворам ДНК быть переполненными в единственную клетку – зависит в ряде химических признаков, украшающих их внешность. Этот сложный химический синтаксис для упаковочной ДНК в трудные небольшие катушки или распутывание его снова – звонил, «кодекс гистона» – является последней границей для склонности исследователей к пониманию, как генетика кодирует жизнь.Но недавнее исследование из Университета Северной Каролины в Чапел-Хилле нашло, что много проблем с антителами гистона, главные инструменты используемый расшифровывают этот кодекс, предполагая, что им, возможно, понадобится более строгое тестирование.

«Когда я представил наши результаты исследования на главных встречах, реакции моих пэров были шоком и страхом через правление», сказал главный автор исследования Брайан Страль, доктор философии, адъюнкт-профессор биохимии и биофизики в UNC.«Сотни и сотни исследователей во всем мире используют их и предполагают, что они точны.

Все же мы нашли, что они должны использоваться с осторожностью». Strahl является членом UNC Lineberger Всесторонний Онкологический центр.Результаты исследования, кажущегося онлайновым в журнале Current Biology, также нашли, что белки, интерпретирующие инструкции по гистону, затронуты не только определенным химическим признаком, который они сажают на, но также и другими признаками в районе.«Кодекс Гистона» был сначала предложен почти десять лет назад Strahl и исследователем эпигенетики К. Дэвидом Аллисом, который был его постдокторским советником в то время.

В статье обзора, опубликованной в журнале Nature, с тех пор процитированном более чем 3 000 раз, Штраль и Аллис предложили модель того, как гистоны и их постпереводные модификации могут функционировать в хроматине.Гистоны являются белковыми катушками, вокруг которых берега ДНК обернуты, чтобы сформировать пакет, названный хроматином. В зависимости от модификаций или признаков, украшающих гистоны, ДНК или закрывается плотно в этом пакете или находится открытая так, чтобы его гены могли быть прочитаны.

Strahl и Allis выдвинули гипотезу, что различные комбинации модификаций гистона сотрудничают, чтобы сформировать кодекс, сродни классическому генетическому коду, в котором различные комбинации нуклеотидов делают аминокислоту. Эти модификации гистона – химические реакции как фосфориляция, ацетилирование и метилирование – генерируют язык, интерпретирующийся через способность принять на работу белки, модулирующие хроматин.«Но этот кодекс гистона является более осложненным путем, потому что существует по 100 различным гистонам модификации, и они работают в трехмерном пространстве, которое очень трудно визуализировать», сказал Штраль. «Мы не можем сказать, что эта отметка или эта комбинация модификаций будут всегда означать определенную вещь. Но то, что я думаю, что мы можем сказать, – то, что многократные модификации могут помочь склонить чашу весов одного государства хроматина другому, делая основную ДНК более или менее доступной для белкового машинного оборудования».

Чтобы раскрыть, каковы некоторые из тех кодексов могли бы быть, исследователи начали генерировать куски белков гистона, каждый спроектированный, чтобы содержать различные комбинации модификаций. В абсолютно новом подходе к кодексу гистона Strahl и его коллеги распечатали эти модифицированные куски или пептиды на предметные стекла, генерировав множества пептида, сродни множествам ДНК.Когда они проверили широко используемые коммерческие антитела, направленные против определенных модификаций на гистонах, как methylysine или methylarginine, они нашли, что антитела не всегда признавали место, которое они, как предполагалось, иногда даже связывая с вне целей лучше, чем их намеченная цель.

Адаптация результатов приятно с исследованием издала недавно по своей природе Структурную Биологию Джейсоном Либом, доктором философии, преподавателем биологии в UNC и члене Центра Lineberger. Либ использовал более старые подходы как иммунофлюоресценция, ЧИП и Вестерн-блоттинги, чтобы показать, что много коммерческих антител не выполняли, как они должны.Дополнительное обнаружение исследования Strahl и коллег состояло в том, что антитела, а также белки, естественно связывающие хроматин, были значительно затронуты путем граничения с модификациями.

«Этот результат оказывает дальнейшую поддержку идее кодекса гистона в этом, способность белка связать с гистонами может зависеть от определенного пейзажа модификации и не всего одной единственной модификации,» сказал Штраль. «Наличие места ацетилирования поблизости могло повлиять на связывание белка на его намеченном месте фосфориляции. Таким образом, в целом эти модификации генерируют пейзаж, который жизненно важен в том, как белки читают кодекс гистона».Исследование финансировалось Национальными Институтами Здоровья. Соавторами исследования был Стивен Фукс, доктор философии, постдокторский ученый в лаборатории Штраля, и Кшиштоф Крайевский, преподаватель научного сотрудника в UNC.

Источник:Медицинская школа Университета Северной Каролины

3 комментария к “Потенциальная ошибка, обнаруженная в инструментах, используемых, чтобы расшифровать ‘кодекс гистона’”

  1. Александра Тимуровна

    Теперь на работу женский пол будут брать только с пломбой , сургучной печатью на причинном месте и клятвой в трёх экземплярах , подкреплённой мокрой печатью .

Оставьте комментарий